COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 2.695409 2.695409 2.583154
2020-09-18 17:00:00 3.177539 2.501041 2.589021
2020-09-17 17:00:00 2.537990 2.537990 2.602252
2020-09-16 17:00:00 2.498408 2.498408 2.592498
2020-09-15 17:00:00 2.433471 2.433471 2.584870
2020-09-14 17:00:00 3.164935 2.516744 2.556075
2020-09-13 17:00:00 2.984036 2.984036 2.541684

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 NaN 0.000000 2.309481
2020-09-18 17:00:00 5.515832 5.515832 2.337811
2020-09-17 17:00:00 3.173077 3.173077 2.270693
2020-09-16 17:00:00 1.776900 1.776900 2.156786
2020-09-15 17:00:00 2.743902 2.743902 2.081575
2020-09-14 17:00:00 1.333333 0.104384 2.009089
2020-09-13 17:00:00 2.850539 2.850539 1.982701

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 0.473186 0.473186 0.598843
2020-09-18 17:00:00 0.000000 0.000000 0.621439
2020-09-17 17:00:00 0.857633 0.857633 0.649327
2020-09-16 17:00:00 0.938086 0.938086 0.746132
2020-09-15 17:00:00 1.006036 1.006036 0.794333
2020-09-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.798705
2020-09-13 17:00:00 0.833333 0.833333 0.863158

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 1.329787 1.329787 1.093787
2020-09-18 17:00:00 1.575689 1.575689 1.078728
2020-09-17 17:00:00 0.867209 0.867209 1.040806
2020-09-16 17:00:00 1.138406 1.138406 1.036302
2020-09-15 17:00:00 0.337553 0.337553 1.011834
2020-09-14 17:00:00 0.445104 0.445104 1.005252
2020-09-13 17:00:00 1.064639 1.064639 1.030727

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 2.941757 2.941757 3.190574
2020-09-18 17:00:00 3.086969 3.086969 3.104387
2020-09-17 17:00:00 2.821181 2.821181 3.080802
2020-09-16 17:00:00 3.846154 3.846154 3.079697
2020-09-15 17:00:00 4.046415 4.046415 3.025987
2020-09-14 17:00:00 4.164739 4.164739 3.090949
2020-09-13 17:00:00 3.276047 3.276047 3.046062

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 3.227372 3.227372 2.903255
2020-09-18 17:00:00 3.011448 3.011448 2.919206
2020-09-17 17:00:00 2.482510 2.482510 2.885731
2020-09-16 17:00:00 2.349291 2.349291 2.839313
2020-09-15 17:00:00 3.639010 3.639010 2.802814
2020-09-14 17:00:00 4.608128 2.825990 2.778459
2020-09-13 17:00:00 3.182020 3.182020 2.745992

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 3.008204 3.008204 3.367754
2020-09-18 17:00:00 3.979592 3.979592 3.365777
2020-09-17 17:00:00 4.659763 3.709350 3.429120
2020-09-16 17:00:00 2.061123 2.935223 3.483817
2020-09-15 17:00:00 2.587322 2.587322 3.475218
2020-09-14 17:00:00 0.886918 0.886918 3.439115
2020-09-13 17:00:00 4.554656 4.554656 3.465405

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 2.288303 2.288303 2.081774
2020-09-18 17:00:00 2.194928 2.194928 2.025728
2020-09-17 17:00:00 2.261935 2.261935 1.997556
2020-09-16 17:00:00 2.479339 1.949433 1.980177
2020-09-15 17:00:00 1.815095 1.815095 1.935823
2020-09-14 17:00:00 2.328573 2.328573 1.904698
2020-09-13 17:00:00 1.728932 1.728932 1.866995

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 5.394191 5.394191 5.173766
2020-09-18 17:00:00 8.263598 5.477528 5.224378
2020-09-17 17:00:00 3.490401 3.490401 5.412985
2020-09-16 17:00:00 4.649682 4.649682 5.416186
2020-09-15 17:00:00 10.078628 5.575411 5.419093
2020-09-14 17:00:00 12.172285 4.593640 5.430520
2020-09-13 17:00:00 10.143043 5.543710 5.651413

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 1.867650 1.867650 2.030182
2020-09-18 17:00:00 2.186219 2.186219 2.054264
2020-09-17 17:00:00 2.092642 2.092642 2.074468
2020-09-16 17:00:00 1.332998 2.037223 2.058991
2020-09-15 17:00:00 1.229394 1.229394 2.065082
2020-09-14 17:00:00 2.416860 2.123755 2.109249
2020-09-13 17:00:00 3.152510 3.152510 2.132394

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 3.418803 3.418803 3.446927
2020-09-18 17:00:00 3.329506 3.329506 3.538575
2020-09-17 17:00:00 3.767821 3.767821 3.623221
2020-09-16 17:00:00 5.033113 5.033113 3.586703
2020-09-15 17:00:00 1.902174 1.902174 3.537617
2020-09-14 17:00:00 5.000000 1.437908 3.418187
2020-09-13 17:00:00 4.229935 4.964990 3.346206

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 1.538462 1.538462 1.324972
2020-09-18 17:00:00 0.601202 1.127820 1.295222
2020-09-17 17:00:00 0.751880 0.751880 1.278095
2020-09-16 17:00:00 3.125000 3.125000 1.279168
2020-09-15 17:00:00 0.429185 0.429185 1.288604
2020-09-14 17:00:00 1.777778 1.777778 1.396753
2020-09-13 17:00:00 0.903614 0.903614 1.399229

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 1.995395 1.995395 2.512102
2020-09-18 17:00:00 7.171315 2.490040 2.661491
2020-09-17 17:00:00 1.607717 1.607717 2.770436
2020-09-16 17:00:00 1.840491 1.840491 2.835299
2020-09-15 17:00:00 4.740406 4.740406 2.861532
2020-09-14 17:00:00 1.666667 1.666667 2.853659
2020-09-13 17:00:00 5.141388 5.141388 2.887169

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 2.945114 2.945114 3.698458
2020-09-18 17:00:00 3.862661 3.862661 3.785004
2020-09-17 17:00:00 10.497238 3.038674 3.794357
2020-09-16 17:00:00 3.945746 3.945746 3.753936
2020-09-15 17:00:00 5.899705 5.899705 3.707229
2020-09-14 17:00:00 8.888889 8.888889 3.769600
2020-09-13 17:00:00 1.855670 1.855670 3.869565

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 3.907075 3.907075 3.940775
2020-09-18 17:00:00 6.293360 3.666997 3.890565
2020-09-17 17:00:00 2.937474 3.658218 3.873253
2020-09-16 17:00:00 4.804928 6.052768 3.870070
2020-09-15 17:00:00 2.846715 2.846715 3.754115
2020-09-14 17:00:00 3.434685 3.434685 3.680724
2020-09-13 17:00:00 2.871148 2.871148 3.567215

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 4.243615 4.243615 3.359460
2020-09-18 17:00:00 2.990388 2.990388 3.328662
2020-09-17 17:00:00 2.221439 2.221439 3.303814
2020-09-16 17:00:00 4.529464 4.529464 3.253732
2020-09-15 17:00:00 3.095723 3.095723 3.196281
2020-09-14 17:00:00 2.732975 2.732975 3.155649
2020-09-13 17:00:00 4.852071 4.852071 3.143339

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 3.172043 3.172043 3.264056
2020-09-18 17:00:00 4.417671 4.417671 3.273948
2020-09-17 17:00:00 3.089037 3.089037 3.311191
2020-09-16 17:00:00 1.764706 1.764706 3.355476
2020-09-15 17:00:00 2.599278 2.599278 3.403624
2020-09-14 17:00:00 5.056180 5.056180 3.504001
2020-09-13 17:00:00 3.510638 3.510638 3.497722

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 3.598972 3.598972 2.725505
2020-09-18 17:00:00 4.349939 2.187120 2.793393
2020-09-17 17:00:00 2.749141 2.749141 2.857937
2020-09-16 17:00:00 2.419355 2.419355 2.862528
2020-09-15 17:00:00 2.637890 2.637890 2.868454
2020-09-14 17:00:00 4.689755 4.689755 2.901402
2020-09-13 17:00:00 2.862506 2.862506 2.892390

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 2.396113 2.396113 1.919704
2020-09-18 17:00:00 1.793153 1.793153 1.970332
2020-09-17 17:00:00 2.306202 2.306202 1.968867
2020-09-16 17:00:00 1.933820 1.933820 1.958561
2020-09-15 17:00:00 1.416235 0.847370 1.943560
2020-09-14 17:00:00 2.549697 1.210505 1.937715
2020-09-13 17:00:00 1.944860 1.944860 1.959052

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 3.316062 3.316062 2.339253
2020-09-18 17:00:00 2.156057 2.156057 2.297654
2020-09-17 17:00:00 2.291667 2.291667 2.284623
2020-09-16 17:00:00 1.806589 1.806589 2.333259
2020-09-15 17:00:00 2.226721 2.226721 2.264475
2020-09-14 17:00:00 3.821656 1.250000 2.225861
2020-09-13 17:00:00 3.256445 2.524987 2.240373

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 0.000000 0.000000 3.481574
2020-09-18 17:00:00 16.326531 16.326531 3.592967
2020-09-17 17:00:00 0.578035 1.315789 3.369106
2020-09-16 17:00:00 1.351351 1.351351 3.159143
2020-09-15 17:00:00 3.092784 3.092784 3.235070
2020-09-14 17:00:00 14.285714 14.285714 2.989482
2020-09-13 17:00:00 1.739130 1.739130 2.796160

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-19 17:00:00 3.213545 3.213545 3.025515
2020-09-18 17:00:00 4.079740 4.079740 3.019225
2020-09-17 17:00:00 2.625241 2.625241 3.023684
2020-09-16 17:00:00 2.669577 2.669577 2.975248
2020-09-15 17:00:00 3.418549 3.418549 2.936244
2020-09-14 17:00:00 2.763819 1.274919 2.928692
2020-09-13 17:00:00 3.977591 3.977591 2.993112

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo NaN 0.000000 2.309481
Basilicata 0.473186 0.473186 0.598843
Calabria 1.329787 1.329787 1.093787
Campania 2.941757 2.941757 3.190574
Emilia-Romagna 3.227372 3.227372 2.903255
Friuli Venezia Giulia 3.008204 3.008204 3.367754
Lazio 2.288303 2.288303 2.081774
Liguria 5.394191 5.394191 5.173766
Lombardia 1.867650 1.867650 2.030182
Marche 3.418803 3.418803 3.446927
Molise 1.538462 1.538462 1.324972
P.A. Bolzano 1.995395 1.995395 2.512102
P.A. Trento 2.945114 2.945114 3.698458
Piemonte 3.907075 3.907075 3.940775
Puglia 4.243615 4.243615 3.359460
Sardegna 3.172043 3.172043 3.264056
Sicilia 3.598972 3.598972 2.725505
Toscana 2.396113 2.396113 1.919704
Umbria 3.316062 3.316062 2.339253
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 3.481574
Veneto 3.213545 3.213545 3.025515
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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